Il territorio di Mattinata si estende su di una superficie di quasi 72 km² compreso nel Parco Nazionale del Gargano. Il centro abitato è adagiato in una conca verdeggiante di ulivi circondata da mare e boschi. Il tratto di mare che va da Mattinata a Vieste è noto per le sue bianche falesie, per i faraglioni e per i suoi anfratti e grotte alcune delle quali ancora non completamente esplorate. Sono situate presso la Baia delle Zagare.

Mattinata è adagiata su due colline, Coppa Madonna e Castelluccio, circondata dal Monte Saraceno a sud, dal Monte Sacro a Nord, dalla pianura di oliveti e dal mare ad est e da Monte Sant’Angelo ad ovest.